Kezdetben pán-Iszlám, vallási és társadalmi mozgalomként hirdette az Iszlámot Egyiptomban, tanította az írástudatlanokat, kórházakat és üzleti vállalkozásokat alapított. Később átterjedt a politikai színtérre, amelynek célja az egyiptomi brit gyarmati irányítás megszüntetése volt. A mozgalom saját maga által megfogalmazott célja a Saria törvény által irányított állam létrehozása, világszerte jól ismert szlogenje: „Az Iszlám a megoldás". Egyik meghatározó tevékenysége a jótékonyság.
A csoport átterjedt más muszlim országokba, de a legnagyobb, vagy az egyik legnagyobb szervezete Egyiptomban maradt annak ellenére, hogy az 1948-ban kezdődött kormányzati leszámolások egymást követően a mai napig zajlanak, merényletek és összeesküvések tervezésével vádolva őket.
Az arab világ politikájában marginális csoport maradt az 1967-es hatnapos háborúig, amikor az Iszlamizmusnak sikerült a népszerű, világi arab nacionalizmus helyébe lépnie, miután Izrael súlyos vereséget mért az arabokra. A mozgalmat Szaúd-Arábia is támogatta, amellyel közös ellenségei voltak, mint például a kommunizmus.
Az arab tavasz először legalizálást és jelentős politikai hatalmat hozott számukra, de 2013-tól súlyos visszarendeződést szenvedtek el. Az egyiptomi muszlim testvériség 2011-ben nyert legális státuszt, majd több választáson sikerrel szerepeltek. Ezek között a 2012-es elnökválasztás a legfontosabb, mely során annak jelöltje, Mohamed Morsi, Egyiptom első demokratikusan megválasztott elnöke lett
Egy évvel később, a hatalmas tüntetéseket és belső zavargásokat követően a katonaság puccsot hajtott végre ellene és házi őrizetbe kényszerült. A csoportot ezután Egyiptomban betiltották és terrorista szervezetnek nyilvánították. A Perzsa-öböl, Szaúd-Arábia és az Egyesült Arab Emírségek követték ezt a példát. Az ő olvasatukban a Testvériség veszélyezteti az autoriter uralmat. Maga a Testvériség azonban állítja, hogy békés, demokratikus szervezet, vezetője pedig „elítéli az erőszakot és az erőszakos cselekményeket".
Manapság a Muzulmán Testvériség elsődleges támogatója Katar és Törökország. 2015-től Bahrein, Egyiptom, Oroszország, Szíria, Szaúd-Arábia és az Egyesült Arab Emírségek kormányai terrorista szervezetnek tekintik.

Alapkoncepció

A Testvériség angol nyelvű weboldala leírja alapelveit, ideértve egyrészt az Iszlám Saria bevezetését, amely „az állam- és társadalmi ügyek kontroljának alapja". Másrészt az Iszlám országok és államok egyesítésére törekszik, főleg az arab államok között annak érdekében, hogy felszabaduljanak az „idegen imperializmus terhei alól". Angol nyelvű weboldalának szóvivője szerint a Muzulmán Testvériség hisz a reformban, a demokráciában, a gyülekezési és sajtószabadságában stb.
„Hisszük, hogy a politikai reform az igazi és természetes kapu minden egyéb reform számára.
Bejelentettük a demokrácia elfogadását, amely elismeri a politikai pluralizmust, a hatalom békés váltakozását és azt a tényt, hogy a nemzet az összes hatalom forrása. Úgy látjuk, hogy a politikai reform magában foglalja a rendkívüli állapot megszüntetését, a közélet szabadságának visszaállítását, ideértve a politikai pártok alapításának jogát, függetlenül attól, hogy milyen trendbe illeszkednek, a sajtószabadságot, a kritika és a gondolkodás szabadságát, valamint a békés tüntetések szabadságát, a gyülekezés szabadságát stb. Ez magában foglalja az összes rendkívüli bíróság lebontását, valamennyi rendkívüli törvény megsemmisítését, a bírói kar függetlenségének megállapítását, lehetővé téve bíróságok számára az általános választások teljes és tényleges felügyeletét annak biztosítása érdekében, hogy azok az emberek akaratát valóban kifejezzék, valamint azon akadályok megszüntetését, melyek korlátozzák a civil társadalmi szervezetek működését stb.”
Alapítójára, Hasszan Al-Bannára nagy hatást tettek az Iszlám gondolkodást modernizálni kívánó reformerek, Muhammad Abduh és Rashid Rida, akik támadták a hivatalos ulemák taqlidjét (szokáson alapuló rendszer), ami ragaszkodást írt elő abban, hogy szigorúan a Korán és a legautentikusabb hadíszok legyenek a Saria forrásai. A Testvériség felépítését és világlátását erősen befolyásolták a szúfizmus tanai.
Al-Banna elkerülte a doktrínával kapcsolatos vitákat. Nem nyilvánított nagy jelentőséget az Iszlám iskolák közötti doktrínális különbségeknek (bár kirekesztette a bahájokat és az ahmadita muszlimokat) és hangsúlyozta a muszlim nemzet (Umma) világméretű egységének politikai jelentőségét
Mivel az Iszlámot modernizáló koncepciókat a szekuláris uralkodók és a hivatalos „ulema" magáévá tette, a Testvériség tradicionalistává és konzervatívvá vált, „lévén ez az egyetlen elérhető lehetőség azok számára, akiknek vallási és kulturális érzékenységét felháborította a nyugatiasodás". Al-Banna úgy vélte, hogy a Korán és a Szunna tökéletes életmódot, társadalmi és politikai mintát képvisel, amelyet Isten az ember számára bocsájtott rendelkezésre. Az Iszlám kormányoknak ezen a rendszeren kell alapulniuk, majd végül egy kalifátusban kell egyesülniük. Az alapító Al-Banna kijelentette, hogy a Muzulmán Testvériség célja a brit gyarmattartói és más nyugati befolyás kiszorítása, az Iszlám sorsában közös országok birodalmának visszaszerzése Spanyolországtól Indonéziáig. A Testvériség azt hirdeti, hogy visszahozza az Iszlám társadalmi igazságosságát, a szegénység, a korrupció és bűnös viselkedés felszámolását, valamint a politikai szabadságot (az Iszlám törvényei által megengedett mértékben). A modern társadalomtudományok módszereit tanulmányozva a Testvériség néhány emblematikus gondolkodója fontolóra vette az Iszlám által felkínált perspektívát a bürokratikus hatékonysággal kapcsolatban, miután feltérképezték a közigazgatásban eluralkodó formális, vagy éppenséggel választ egyáltalán nem adó érzéktelenséget. Ez aztán a Muzulmán Testvériség demokráciát támogató irányelveiben is megfogalmazódott. Ahogy a szerzők kijelentették, ezek a gondolatok szembe mentek a mai muszlim országok valóságával. A nők és a nemek kérdésében a Muzulmán Testvériség konzervatív módon értelmezi az Iszlámot. Alapítója kampányt hirdetett „a hivalkodó öltözet és laza viselkedés ellen”, „a férfi és női hallgatók szegregációjáért”, külön tantervet írt elő a lányok számára, valamint felszólított „a tánc és más hasonló szórakoztató időtöltés tilalmára...” A mozgalomból kitört pár csoport, például az Al-Gama'a al-Iszlamiyya és az Al Takfir Wal Hidzsra. A Testvériség kiemelkedő szereplői között szerepelt Sayyid Qutb, az Iszlamizmus egyik befolyásos gondolkodója és a "Mérföldkövek" c. mű szerzője. Oszama bin Laden azzal vádolta a Testvériséget, hogy elárulja a dzsihádot és Qutb eszméit.
A Testvériség „leggyakrabban hirdetett szlogenje" (a BBC szerint) „az Iszlám a megoldás" (هو اإلسالم الحل .(Khalil Yuszuf akadémikus szerint mottója hagyományosan a következő volt: "A hívők egymás testvérei".

Stratégia és szervezet

A Muzulmán Testvériség politikai részvétellel kapcsolatos álláspontja az ideológia helyett az egyes fiókszervezetek „hazai helyzetétől” függően változik. Sok éven át „együttműködési” álláspont volt Kuvaitban és Jordániában, Egyiptomban „békés ellenzék", Líbiában és Szíriában „fegyveres ellenzék" szerepet töltöttek be. A testvériség stratégiája nyugati tevékenységével kapcsolatban összekapcsolható egy 12 pontos dokumentummal, amelynek címe: Az Iszlám Politika Világszintű Stratégiája Felé, közismert nevén: A Projekt. Ezt 1982. december 1-jén Yusuf al-Qaradawi írta az 1977-ben és 1982-ben, Svájcban, Luganóban tartott két konferencia során. A dokumentum arra utasítja a testvériség tagjait, hogy mutassanak „rugalmasságot" az Iszlám világon kívüli tevékenységeik során. Ösztönzi őket arra, hogy ideiglenesen fogadják el a nyugati értékeket anélkül, hogy belül eltérnének az „Iszlám alapelveitől".A Muzulmán Testvériség egy transznacionális szervezet, ellentétben a politikai pártokkal. Tagjai több országban politikai pártokat hoztak létre, mint például az Iszlám Akció Front Jordániában, a Hamasz Gázában és Ciszjordániában, valamint a korábbi Szabadság és Igazságosság Párt Egyiptomban. Ezek a pártok a testvériség tagjaiból verbuválódtak, bizonyos mértékig függetlenek a Muzulmán Testvériségtől, ellentétben a Hizb ut-Tahrir-rel, amely erősen központosított. A Testvériséget egy „neo-szúfi tariqa (út, irányzat)" és egy politikai párt kombinációjának jellemezték. Ebben a neo-szúfi irányzatban al-Banna az útmutató, az irányzat Murshidja. Az Egyiptomi Testvériség piramis szerkezetű, „családokkal", más néven uszrával legalul, amely négy-öt emberből áll, akiket egy naqib vagy „kapitány" vezet. Felettük állnak „klánok", a klánok felett a „csoportok", majd ezek felett a zászlóaljak vagy falankszok. A potenciális testvérek Muhib-ok, vagyis "az ügyet szeretők"-ként indulnak. Ha jóváhagyják őket, Moayyad-ok vagyis „támogatók" lesznek, majd Muntaszib-ok, tehát „kapcsolódó tagok", akiknek még nincs szavazati joguk. Ha egy Muntaszib megfelel megfigyelői számára, akkor előzetesen Muntazimmá, azaz „beszervezhetővé" emelik fel, mielőtt a végső szintre lép, azaz Akh 'amal, azaz „dolgozó testvér" lesz. Ezzel a lassú, aprólékos előrehaladással ellenőrizhető gondosan a potenciális tagok lojalitása és biztosítható a parancsok teljesítéséhez való megfelelő hozzáállás. A hierarchia tetején található az Orientációs Iroda (Maktab al-Irshad), közvetlenül alatta pedig a Shura Tanács. A parancsokat a parancsnoki láncon keresztül továbbítják:

• A Shura Tanács feladata a Testvériség céljainak elérését szolgáló általános politikák és programok tervezése, feltérképezése. Nagyjából 100 muzulmán testvérből áll. A fontos döntéseket, például a választásokon való részvételt a Shura Tanács ülésén vitatják és szavazzák meg, majd ezeket az Orientációs Irodának adják át végrehajtásra. Határozatai a Csoportra nézve kötelezőek, ezeket csak az Általános Szervezeti Konferencia módosíthatja vagy érvénytelenítheti. A Shura Iroda is jogosult a Végrehajtó Iroda határozatainak módosítására vagy megsemmisítésére. A Shura tanács követi a Testvériség politikájának és programjainak végrehajtását. Irányítja a Végrehajtó Irodát, erre a feladatra szakbizottságokat hoz létre, melyek munkájára támaszkodik.
• Körülbelül 15 régóta a szervezetben tevékenykedő testvérből áll a Végrehajtó, vagy Orientációs Iroda (Maktab al-Irshad), amelynek vezetője a legfelső vezető (Murshid), vagy Masul, azaz Felelős. Az Orientációs Iroda minden tagja különféle portfóliókat, például egyetemi toborzást, oktatást vagy politikát felügyel. Az Orientációs Iroda tagjait a Shura Tanács választja meg. Az Orientációs / Végrehajtó Iroda részlegei a következők:
  • Operatív vezetés
  • Szervezési iroda
  • Főtitkárság
  • Oktatási iroda
  • Politikai iroda
  • Nővérek irodája

A Muszlim Testvériség egy transznacionális szervezet felépítését tűzte ki célul. Az 1940-es években az Egyiptomi Testvériség egy szekciót szervezett az Iszlám Világgal való kapcsolattartásra, melybe kilenc bizottság tartozott. Csoportokat alapítottak Libanonban (1936), Szíriában (1937) és Transzjordániában (1946). Tagokat toborzott a Kairóban élő külföldi hallgatók között, ahol a központjának székhelye egyben találkozóhelye lett az egész muszlim világ képviselőinek. Minden országban, ahol Testvériség jön létre, egy fiókszervezet működik, melyet az operatív vezetés által kinevezett Masul (vezető) irányít. Az fiókszervezeten belül lényegében ugyanazokat a részlegeket hozzák létre, mint az Orientációs/Végrehajtó irodában. Az igazság az, hogy a testvériség fiókszervezetei csak a Közel-Kelet arab országaiban léteznek és ezek elméletileg az egyiptomi általános irányelveknek vannak alárendelve. Ezen túlmenően a Testvériség szervezeteket szponzorál, amelyek olyan országokban működnek, mint Tunézia (Ennahda Mozgalom), Marokkó (Igazságügyi és Jótékonysági Párt), Algéria (Béke Egyesület Mozgalma). Az arab világon kívül is befolyást gyakorolnak. Afganisztán volt elnöke, Burhanuddin Rabbani a Testvériség elképzeléseit az Al-Azhar Egyetemen végzett tanulmányai során elfogadta, így nem véletlen, hogy az afganisztáni mudzsahidin csoportok és az arab testvériség tevékenysége között sok hasonlóság mutatkozik. Az Angkatan Belia Islam Malaysia mozgalma Malajziában közel áll a Testvériséghez. Olivier Roy tanulmánya szerint 1994-től a Testvériség Nemzetközi Ügynöksége biztosítja nemzeti szervezeteinek koordinált együttműködését.
Az Ügynökség összetétele nem ismert, de annyi bizonyos, hogy ebben az egyiptomiak továbbra is erőfölényben vannak.