A tábornokok úgy hitték, hogy az oroszok megvédelmezhetik őket a vérszomjas Haynautól, de csalódniuk kellett. Augusztus 22-én az oroszok elvették fegyvereiket, majd másnap átadták őket az osztrákoknak. Augusztus 25-én érkeztek Aradra, s még aznap megkezdődtek a kihallgatások. Mindegyikük két kihallgatáson vett részt, s ezt követően lehetőségük nyílt írásban utólagos beadványt intézni a hadbíróságnak.

Eközben augusztus 27-én az igazságügy-miniszter, Schmerling a minisztertanács elé terjesztette az ítéletekkel kapcsolatos elképzeléseket: "erre vonatkozólag általánosságban ki lehetne mondani, hogy a legvétkesebbnek a törvények szerint kell lakolniuk, a kevésbé vétkesek esetében pedig báró Haynau táborszernagyra kell bízni, hogy másfajta büntetést szabjon ki rájuk."

Bár Ferenc József augusztus 29-i legfelsőbb kézirata Haynaut arra kötelezte, hogy " ... a halálbüntetést csak a legbűnösebb és legveszedelmesebb egyéneken hajtsák végre ...", de a halálbüntetésekről csak utólagosan kellett jelentést tennie az uralkodónak. Haynau október 6-ára, Latour halálának évfordulójára tűzte ki a kivégzéseket. Az aradi foglyok még reménykedtek, október 4-e, az uralkodó névnapja, lehet, hogy amnesztiát hirdet. De minden remény szertefoszlott ezen a napon, mert amnesztia helyett Haynau végzése érkezett meg. Másnap reggel hét órakor Ernst hadbíró felsorakoztatta a tábornokokat, s kihirdette az ítéleteket. Ezután megbilincselték a tábornokokat, majd visszavezették őket a cellájukba, megtagadva tőlük azt a kérést, hogy együtt tölthessék az utolsó napot.

Október 6-án hajnali kettő és három óra között a papok felkeresik a halálraítélteket. Aulich Lajos Horatius verseit olvasgatta, Török Ignác Vauban várépítésről szóló könyvét bújta, Láhner György fuvoláján játszott, Dessewffy Arisztid még aludt.

Többen még utolsó soraikat vetették papírra búcsúlevelükben. Fél hatkor először a golyó általi halálra ítélteket -Schweidel Józsefet, Kiss Ernőt, Dessewffy Arisztidet és Lázár Vilmost -vezették a kirendelt katonaság közé. 12 katona állt fel velük szemben töltött fegyverrel, majd midőn a parancsnokuk kardjával intett, a lövések eldördültek.

Ezután következtek az akasztófára ítélt tábornokok a következő sorrendben: Poeltenberg Ernő, Török Ignác, LahnerGyörgy, Knezich Károly, Nagy-Sándor József, Leiningen-Westerburg Károly, Aulich Lajos, Damjanich János és Vécsey Károly. Sorra búcsúztak el egymástól, Vécseynek már nem volt kitől búcsút vennie, ő Damjanich holttestéhez lépett és megcsókolta a kezét. A kivégzést követően az elítélteket elrettentésül köz-szemlére tették ki, majd este az agyonlőtteket a sáncárokban, a felakasztottakat a vesztőhelyen temették el. Mivel a kivégzettek ruhái a hóhért illették, ezért a felakasztottakat levetkőztetve helyezték hol a bitófa elé, hol mögé, majd melléjük döntötték az akasztófa-oszlopokat is.